1>.InnoDB支持事物，而MyISAM不支持事物
2>.InnoDB支持行級鎖，而MyISAM支持表級鎖
3>.InnoDB支持MVCC,而MyISAM不支持
4>.InnoDB支持外鍵，而MyISAM不支持
5>.InnoDB不支持全文索引，而MyISAM支持。
1、存儲結構 MyISAM：每個MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。第一個文件的名字以表的名字開始，擴展名指出文件類型。
.frm文件存儲表定義。 數據文件的擴展名為.MYD(MYData)。
索引文件的擴展名是.MYI(MYIndex) InnoDB：所有的表都保存在同一個數據文件中(也可能是多個文件，或者是獨立的表空間文件)，InnoDB表的大小只受限于操作系統文件的大小，一般為2GB。
2、存儲空間 MyISAM：可被壓縮，存儲空間較小。
支持三種不同的存儲格式：靜態表(默認，但是注意數據末尾不能有空格，會被去掉)、動態表、壓縮表。
InnoDB：需要更多的內存和存儲，它會在主內存中建立其專用的緩沖池用于高速緩沖數據和索引。
3、可移植性、備份及恢復 MyISAM：數據是以文件的形式存儲，所以在跨平臺的數據轉移中會很方便。
在備份和恢復時可單獨針對某個表進行操作。
InnoDB：免費的方案可以是拷貝數據文件、備份binlog，或者用mysqldump，在數據量達到幾十G的時候就相對痛苦了。
4、事務支持 MyISAM：強調的是性能，每次查詢具有原子性,其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持。
InnoDB：提供事務支持事務，外部鍵等高級數據庫功能。
具有事務(commit)、回滾(rollback)和崩潰修復能力(crashrecoverycapabilities)的事務安全 (transaction-safe(ACIDcompliant))型表。
5、AUTO_INCREMENT MyISAM：可以和其他字段一起建立聯合索引。
引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引，自動增長可以不是第一列， 他可以根據前面幾列進行排序后遞增。
InnoDB：InnoDB中必須包含只有該字段的索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引也必須是組合索引的第一列。
6、表鎖差異MyISAM：只支持表級鎖，用戶在操作myisam表時，select，update，delete，insert語句都會給表自動加鎖， 如果加鎖以后的表滿足insert并發的情況下，可以在表的尾部插入新的數據。
InnoDB：支持事務和行級鎖，是innodb的最大特色。行鎖大幅度提高了多用戶并發操作的新能。
但是InnoDB的行鎖， 只是在WHERE的主鍵是有效的，非主鍵的WHERE都會鎖全表的。
7、全文索引 MyISAM：支持FULLTEXT類型的全文索引 InnoDB：不支持FULLTEXT類型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。
8、表主鍵 MyISAM：允許沒有任何索引和主鍵的表存在，索引都是保存行的地址。
InnoDB：如果沒有設定主鍵或者非空唯一索引，就會自動生成一個6字節的主鍵(用戶不可見)，數據是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。
9、表的具體行數 MyISAM：保存有表的總行數，如果selectcount(*)fromtable;會直接取出出該值。
InnoDB：沒有保存表的總行數，如果使用selectcount(*)fromtable;就會遍歷整個表，消耗相當大，但是在加了wehre條件后， myisam和innodb處理的方式都一樣。
10、CURD操作 MyISAM：如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇。
InnoDB：如果你的數據執行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考慮，應該使用InnoDB表。
DELETE從性能上InnoDB更優， 但DELETEFROMtable時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除，在innodb上如果要清空保存有大量數據的表，最好使用truncatetable這個命令。
11、外鍵 MyISAM：不支持 InnoDB：支持
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